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唯尚立德

01.

哺乳动物动物卵母细胞的较小染色体为何容易发生分离错误?

卵母细胞减数分裂过程中的染色体分离错误会导致卵子非整倍体(aneuploidy)。这种错误发生的频率随着母体年龄的增加而增加。体细胞中较大的染色体更容易发生分离错误,而衰老的卵母细胞则不同,它更倾向于在较小的染色体上发生分离错误。卵子中较小染色体非整倍体是导致流产和先天性疾病(如唐氏综合征)的主要原因。较小的染色体是如何在衰老的卵母细胞中优先发生分离错误的,目前尚不清楚。

在一项新的研究中,为了研究单个染色体的动态变化,来自日本理化学研究所生物系统动力学研究中心的研究人员开发了一套全面的荧光探针,可特异性标记小鼠 20 条染色体(19 条常染色体和一条X 染色体)中的每一条。利用这些探针,他们建立了一个实时成像管道,可在小鼠卵母细胞减数分裂过程中对已识别的染色体进行完整的三维跟踪。通过这一“染色体识别与跟踪(chromosome identifying-and-tracking)”管道,他们从 93 个卵母细胞中获取了九条不同的已识别染色体及其着丝粒的 217 条完整的三维轨迹。利用这一全面的数据集,他们旨在定量分析基于染色体大小的时空动态,并检验它们是否会导致较小染色体的优先分离错误。相关研究结果发表在2024年7月19日的Science期刊上,论文标题为“Live chromosome identifying and tracking reveals size-based spatial pathway of meiotic errors in oocytes”。

他们的定量分析发现,尽管每条染色体在卵母细胞中的动态表现出很大的差异性,但较小的染色体在减数分裂的前中期(prometaphase)更倾向于向纺锤体赤道的内部区域移动。在小鼠和人类卵母细胞中,对较小染色体的这种偏好导致建立了一种基于染色体大小的空间排列,即较小染色体优先位于中期板(metaphase plate)的内侧区域。卵母细胞可以建立这种基于染色体大小的空间排列,而不需要预先存在染色体定位偏差,这表明存在一种主动建立这种空间排列的前中期途径。这些作者发现,较小的染色体倾向于更早地伸展,而且这种伸展与较小染色体的向内运动结合得更紧密,这表明这种前中期途径涉及较小染色体上更早的双极微管附着。这种前中期途径的活跃与年龄无关。

对老龄小鼠卵母细胞的染色体追踪显示,染色体过早分离主要发生在中期板的内部区域,这是由于衰老导致染色体内聚力降低,也是造成分离错误的主要原因。染色体的过早分离取决于双极微管的拉力,而这些作者发现,在着丝粒-着丝点(kinetochore-centromere)距离增加的情况下,中期板内部区域中的双极微管拉力明显更强。用人造珠子防止较小染色体在内部定位,可显著抑制衰老的卵母细胞在较长的减数分裂中期过早发生染色体分离,这表明较小染色体优先在内部定位是衰老的卵母细胞发生分离错误的风险之一。

02.

新研究发现在母鼠与幼鼠互动时,幼鼠大脑未定区中的神经元变得更加活跃

在一项新的研究中,来自耶鲁大学和索邦大学的研究人员将光纤探针(fiber-optic probe)植入小鼠幼崽的大脑中,以进一步了解在幼崽与其母体的早期社会互动过程中会发生什么,从而导致母子纽带的建立。他们发现当母鼠与幼鼠互动时,小鼠大脑的一部分会变得更加活跃。相关研究结果发表在2024年7月26日的Science期刊上,论文标题为“Neurons for infant social behaviors in the mouse zona incerta”。
先前的研究表明,许多动物的母亲和它们的后代之间建立了牢固的纽带---这种纽带促使母亲教后代如何生存,并保护它们不受伤害。它还促使后代将母亲视为生存的源泉。但是,人们对诱发这种纽带的大脑发生了什么知之甚少。在这项新的研究中,研究者确定了大脑的哪些部分参与了这种纽带,以及在这种纽带发生中这些大脑部分发生了什么变化。

研究者在先前研究---表明母亲和子女之间的联系可能起源于未定区(zona incerta),即位于丘脑下部的一小块灰质---的基础上开始了他们的研究。先前的研究表明,婴儿大脑中这个区域的神经元向大脑的其他部分发送信号,帮助调节生长。
为了进一步了解这种活动,研究者植入了光纤探针,以监测神经放电。他们还采集了大脑样本,发现未定区中的神经元能表达一种叫做生长抑素(somatostatin)的激素,已知这种激素能阻止皮质酮等其他激素的释放,从而调节多种身体机能。
研究者随后研究了在小鼠幼崽进行包括哺乳在内的各种活动时未定区的行为。他们发现,当幼崽接受母鼠哺乳时,大脑这一部分的神经元会变得更加活跃。当幼崽遇到其他哺乳母鼠时,这些神经元也会变得更加活跃,不过活跃程度没有那么高。
03.

新研究揭示表观遗传学如何影响哺乳动物记忆形成

当我们形成新的记忆时,大脑会发生物理和功能上的变化,统称为“记忆痕迹(memory trace)”。记忆痕迹代表了特定活动模式和神经元的结构变化,这些变化发生在记忆形成和后来的回忆中。但是,大脑如何“决定”哪些神经元将参与记忆痕迹呢?现有研究表明神经元固有的兴奋性在其中发挥了作用,但目前公认的学习观点却忽视了对神经元本身的指挥中心——细胞核的研究。在细胞核中,似乎存在着另一个未被探索的层面:表观遗传学。
在特定有机体的每个细胞内,DNA 所编码的遗传物质都是相同的,但组成人体的各种细胞类型,如皮肤细胞、肾细胞或神经细胞,却各自表达着一组不同的基因。表观遗传学就是研究细胞如何在不改变 DNA 序列的情况下控制这些基因活性的机制。

如今,在一项新的研究中,洛桑联邦理工学院神经科学家Johannes Gräff及其团队探索了表观遗传学是否会影响神经元被选中形成记忆的可能性。他们的小鼠研究结果表明,神经元的表观遗传状态是它在记忆编码中发挥作用的关键。相关研究结果发表在2024年7月26日的Science期刊上,论文标题为“Chromatin plasticity predetermines neuronal eligibility for memory trace formation”。
Gräff和他的团队想知道表观遗传因素是否会影响神经元的“记忆”功能。当神经元细胞核内的DNA松散或松弛时,神经元在表观遗传学上是开放的;而当DNA紧凑紧密时,神经元在表观遗传学上是闭合的。Gräff说,“我们从以DNA为中心的层面揭示了记忆形成的最初步骤。”
他们发现,开放的神经元更有可能被招募到“记忆痕迹”中。“记忆痕迹”是大脑中神经元的稀疏集合,它们在学习新知识时会显示出电活动。事实上,处于更开放染色质状态的神经元也表现出更高的电活动。
随后,这些作者利用病毒递送表观遗传酶,从而人为诱导神经元的开放性。他们发现,相应的小鼠学习效果更好。当他们使用相反的方法闭合神经元的DNA时,这些小鼠的学习能力就被取消了。这些发现为理解神经元细胞核编码的学习开辟了新的途径,甚至有朝一日可能会开发出改善学习的药物。


04.

利用人类线粒体mRNA结构组揭示人类线粒体中的基因表达机制

来自迈阿密大学和哈佛医学院的研究人员在一项新的研究中改进了一种利用硫酸二甲酯(DMS)对 mRNA 结构进行化学探测的方法,其中硫酸二甲酯可将腺嘌呤和胞嘧啶未配对且可触及的碱基配对面甲基化。
人类线粒体基因组(mtDNA)的表达为催化有氧能量转移并维持生命的氧化磷酸化(oxidative phosphorylation)酶复合物提供了 13 个重要的蛋白亚基。人类mtDNA 是一个 16.569Kb 的双链分子,有重链(H)和互补的轻链(L)。人类mtDNA的转录几乎横跨其整个长度,产生两个长的多顺反子转录本(polycistronic transcript),这两个多顺反子转录本经过处理后产生 11 个成熟的 mRNA,此外仍有两个转录单位仍未经过处理,以双顺反子元件形式存在,包含重叠的和-1 移位的开放阅读框(ORF),用以编码 ATP8 和 ATP6 或 ND4L 和 ND4。人类mtDNA还编码线粒体核糖体中合成这些蛋白所需的两种核糖体 RNA(12S rRNA和 16S rRNA)和 22 种转移 RNA(tRNA)。
在过去的五十年中,有关 mtDNA 转录和线粒体信使 RNA(mt-mRNA)稳定性、加工、修饰和翻译的分子机制已逐渐被描述出来,并且仍然是研究的热点。然而,科学家们对 mt-mRNA 折叠结构组(structurome)的了解非常有限,这阻碍了人们对 mtDNA 基因表达及其调控的机理了解。

获取完整线粒体内的 mRNA 结构数据对于了解其生物背景至关重要。为此,来自迈阿密大学和哈佛医学院的研究人员在一项新的研究中改进了一种利用硫酸二甲酯(DMS)对 mRNA 结构进行化学探测的方法,其中硫酸二甲酯可将腺嘌呤和胞嘧啶未配对且可触及的碱基配对面甲基化。线粒体硫酸二甲酯突变分析测序(mitochondrial DMS mutational profiling with sequencing, mitoDMS-MaPseq)是一种高通量、全基因组 RNA 结构探测策略,它利用了一种高保真、进行性的第二组反转录酶(thermostable group II reverse transcriptase, TGIRT),该酶可将 RNA 中的硫酸二甲酯修饰转化为互补 DNA 中的错配。然后将 DMS 反应信息用作基于热力学的 RNA 折叠算法的约束条件,从而获得高精度的二级结构模型。
相关研究结果发表在2024年7月19日的Science期刊上,论文标题为“The human mitochondrial mRNA structurome reveals mechanisms of gene expression”。
在建立了可重复和准确的 mitoDMS-MaPseq 方法后,这些作者研究了功能性人类线粒体内的 mt-mRNA 结构。他们使用了从野生型细胞和缺乏LRPPRC蛋白的细胞中分离出来的线粒体,其中LRPPRC 是 mt-mRNA 稳定性、多腺苷酸化和翻译的关键调节因子。他们的比较分析扩展到体外合成和折叠的mt-mRNA。
他们的研究结果阐明了 LRPPRC作为一种保持酶(holdase)有助于维持 mt-mRNA 折叠和高效翻译。对野生型线粒体中mt-mRNA 结构的深入认识和代谢标记揭示了基因表达的潜在机制。它们包括 mRNA 编程的翻译暂停,以支持 COX1(一种具有多个跨膜结构域的疏水性蛋白)的合成,以及 mRNA 程序性核糖体和随后发生的终止-再起始事件以协调双顺反子ATP8/6 转录本中两个 ORF 的翻译。此外,通过使用聚类算法 DREEM(使用期望最大化方法检测 RNA 折叠结构),他们确定了每个转录本所采用的共存替代构象,从而捕捉到了 mt-mRNA 折叠在结构集合体中的动态性质。
综上所述,这些研究结果确定了 mt-mRNA 的折叠图谱,为线粒体基因表达的转录后调控提供了新的见解。此外,这些作者还提出了一种策略,可以研究不同细胞和组织中的 mt-mRNA 折叠及其在发育、疾病和衰老过程中调控线粒体基因表达的作用。

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