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唯尚立德

01.

科学家绘制出新型遗传图谱,识别出1000个潜在的肾脏疾病新型疗法靶点

全球有超过8亿人患有肾脏疾病,其中每年有近100万人死于肾衰竭。近日,一篇发表在国际杂志Science上题为“Kidney multiome-based genetic scorecard reveals convergent coding and regulatory variants”的研究报告中,来自宾夕法尼亚大学Perelman医学院等机构的科学家们通过研究发现了超过1000个基因或有望作为治疗肾脏疾病患者的潜在可能性靶点。通过绘制迄今为止最完整且最详细的肾脏功能基因蓝图,研究人员就有望为肾脏疾病的诊断、预防策略和治疗手段铺平道路。

此外,研究人员还创建了一种“肾脏疾病遗传记分卡”(Kidney Disease Genetic Scorecard),临床医生就能与患者一起利用这种记分卡来查看哪些特殊的基因和突变最有可能与特定的患者疾病有关。医学博士Katalin Susztak说道:“肾脏功能障碍是一个主要的全球健康问题,本文研究结果揭示了疾病风险背后的特殊基因和生物学通路。”

研究人员分析了近1000份人类肾脏样本和数十万份肾脏细胞,提供了关于这些器官内部运作机制的更清晰图像。慢性肾脏疾病在全球影响着近10%的人群健康,而且其发病率还在不断上升。目前并没有治愈疗法,现有的疗法仅能减缓慢性肾脏疾病的进展;一旦肾脏不能满足人体过滤血清、清除废弃物并调节机体电解质的需要,患有这种疾病的人群通常就需要透析或进行肾脏移植。

根据美国器官分配联合网络(UNOS,United Network for Organ Sharing)的数据,在任何时候,大约都有9万人在等待进行肾脏移植。在美国,每天都有大约13人在等待过程中死亡。但基于本文研究的新见解,新型有效或预防性策略或有望出现。

Susztak及其同事表示,近端小管细胞(proximal tubule cells)是致病突变的一个温床。这些细胞在多种肾脏功能中扮演着关键角色,包括水和电解质的重吸收以及不同化学物质和化合物的分泌。因此,这些细胞中的变异可能会通过阻碍这些基本的功能从而导致疾病发生。

研究者Hongbo Liu博士说道:“想要确定哪些细胞与疾病发生真正相关或许是至关重要的。通过创建数千个肾脏细胞的单细胞图谱,我们就能放大并发现特定的遗传突变到底是如何破坏关键肾脏细胞类型中的调节机制。”

除了放大观察外,研究人员还观察了更大的画面,并发现了一些基因区域拥有两种突变:一种是编码或指令中能构建必需机体蛋白的突变,另一种则是不变吗蛋白质或改变其序列的突变,而这些序列能控制蛋白质的合成水平。研究者表示,这或许是这项研究的关键突破。有超过600个基因都携带这两种突变类型,至少有一种突变能让研究人员强烈怀疑这些基因是肾脏疾病发生的病因。在研究人员强调的基因中,携带两种突变类型的基因应该进行进一步研究。

这些研究发现或许能为直接影响患肾脏疾病或有疾病风险的人群的临床护理奠定基础。事实上,目前有用于治疗其它疾病的FDA批准药物能影响本文研究中的一些基因功能,这意味着科学家们应该研究是否重新定向或改进一些现有的药物来潜在阻断疾病的进展甚至修复肾脏功能。

此外,研究人员发现,除了理解患肾脏疾病风险更高的人群外,本文研究还展现了精准医学的巨大潜力和能量。尽管疾病的治疗结果和症状在不同患者之间往往非常相似,但研究人员还需要进行更多研究来分析其背后的基因和所涉及的基因,这样才能更好地理解疾病的特殊性和不同的起源。基于本文研究结果,未来研究人员或有望开发出治疗人类慢性肾脏疾病的新型个体化疗法。

02.

一种新发现的生物标志物可以预测脑膜瘤和乳腺癌的侵袭性

在一项新的研究中,来自福瑞德-哈金森癌症研究中心和德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员利用一种新技术和计算方法,发现了一种能够准确预测脑膜瘤和乳腺癌结果的生物标志物。具体而言,他们指出组蛋白基因上发现的RNA聚合酶II(RNAPII)的数量与肿瘤的侵袭性和复发有关。相关研究结果发表在2025年2月14日的Science期刊上,论文标题为“RNA polymerase II at histone genes predicts outcome in human cancer”。

这些组蛋白基因上RNAPII的超高水平表明癌症过度增殖,并可能导致染色体改变。这些发现表明,使用一种新的基因组技术作为潜在的癌症诊断和预后工具,可能提高精准肿瘤学方法的准确性。
论文共同第一作者、德克萨斯大学MD安德森癌症中心生物信息学和计算生物学助理教授Ye Zheng博士说,“人们忽视了组蛋白基因可能是细胞复制的限速因素,反过来又是肿瘤细胞过度增殖的有力指标。这是因为目前的RNA测序方法由于组蛋白RNA的独特结构而无法检测到它们,这意味着这些文库大大低估了它们的存在。我们的新方法结合了新的实验技术和计算管道,建立了一个全面的生态系统,可以利用多种癌症类型的活组织样本来提高肿瘤诊断和预后。”
新技术从几十年来存储的样本中产生更高质量的数据
这项研究的结果是由福瑞德-哈金森癌症研究中心基础科学部的论文共同第一作者Steven Henikoff博士在实验室开发的一种新的分析技术实现的,该技术使得研究人员能够使用福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)样本更好地研究基因表达。
用于活组织检查的FFPE样本长期储存,但由于降解,样本RNA随着时间的推移变得越来越不稳定,从而可能导致质量较低的基因表达数据。
这项称为CUTAC(Cleavage Under Targeted Accessible Chromatin)的新技术专注于RNAPII结合的小片段DNA非编码序列,这些序列与它们调控的基因位于同一染色体上,使得科学家能够直接从DNA中测量基因转录活性。
在使用CUTAC技术对各种癌症类型的临床样本进行检查时,研究人员发现,与正常组织样本相比,肿瘤样本中组蛋白基因的表达始终显著较高。
组蛋白为染色体中的DNA提供了必要的结构支持,充当DNA链缠绕的线轴。这些蛋白已经得到了很好的研究,但目前研究基因表达的大多数工具都依赖于RNA测序。组蛋白RNA的独特之处在于其结构阻止了RNA分子被当前的方法检测到。
因此,组蛋白基因在肿瘤样本中的表达可能被严重低估。研究人员假设癌细胞增殖的增加会导致组蛋白的表达或过度转录,以满足细胞复制和分裂的额外需求。
RNAPII表达与癌症侵袭性相关并预测其侵袭性
为了验证他们的假设,研究人员使用CUTAC分析来研究和绘制RNAPII,其中RNAPII将DNA转录为信使RNA(mRNA)的前体。他们研究了来自脑膜瘤患者的36个FFPE样本,并使用了一种新的计算方法将这些数据与近1300个公开的临床数据样本和相应的临床结果相结合。
在肿瘤样本中,组蛋白基因上发现的RNAPII酶信号能够可靠地区分癌症和正常样本。组蛋白基因上的RNAPII信号也与脑膜瘤的临床分级相关,可以准确预测快速复发以及全臂染色体丢失的趋势。在13名浸润性乳腺癌患者的乳腺肿瘤FFPE样本上使用该技术也预测了癌症的侵袭性。
Henikoff说,“我们开发的研究体外保存的肿瘤样本的技术如今揭示了一种以前被忽视的癌症侵袭性机制。确定这种机制表明,这可能是一种诊断癌症并可能治疗癌症的新测试方法。”
Zheng 和他的同事计划在多种癌症类型的FFPE样本上使用这项技术进行进一步验证。
03.

高水平的肾上腺髓质素或能促进肥胖相关的胰岛素抵抗

胰岛素抵抗是肥胖相关2型糖尿病的标志,胰岛素的作用不仅局限于代谢细胞,而且还涉及血管,在血管中,胰岛素能增加毛细血管的血流量,还会增加胰岛素和营养物质的运输。
近日,一篇发表在国际杂志Science上题为“Endothelial insulin resistance induced by adrenomedullin mediates obesity-associated diabetes”的研究报告中,来自德国马克斯普朗克心肺研究所等机构的科学家们通过研究发现,肾上腺髓质素(ADM,Adrenomedullin)能抑制内皮胰岛素信号并导致肥胖相关胰岛素耐受的发生。
相关研究结果表明,血浆中ADM水平的升高会损伤机体内皮细胞中胰岛素受体的功能,从而导致血管中胰岛素运输的减少和全身性的胰岛素抵抗。肥胖是2型糖尿病发生的主要风险因素,胰岛素抵抗在疾病进展过程中扮演着重要角色,胰岛素的代谢作用依赖于其通过内皮细胞的运输,在内皮细胞中,胰岛素能增加血流量并促进目标组织的营养吸收,此前被认为与肥胖相关的内皮胰岛素抵抗机制,目前研究人员并不清楚。
这项研究中,研究人员分析了ADM的作用,ADM是一类肽类激素,其在肥胖人群和小鼠机体血浆中的水平较高。在人类和小鼠机体中,血浆中ADM的水平往往与肥胖和2型糖尿病发生有关,利用人类内皮细胞,研究者发现,ADM能通过蛋白质-酪氨酸磷酸酶1B来抑制胰岛素受体的磷酸化过程,从而降低胰岛素信号的传导。在体内,研究人员工程化改造了内皮特异性的敲除小鼠,其要么缺乏Gs(通过Gas基因剔除),要么缺乏ADM受体(CALCRL),同时利用高脂肪饮食来挑战它们。
在变胖过程中,这些敲除小鼠能表现出机体中葡萄糖耐量的明显改善,而且骨骼肌和脂肪组织中的胰岛素信号也会增强;对脂肪细胞中ADM的分离敲除结果表明,脂肪细胞是肥胖小鼠机体血浆中ADM水平升高的主要来源。在分子水平上,ADM能诱发Gs偶联信号,从而升高cAMP信号并激活蛋白激酶A(PKA),而PKA随后会对PTP1B上的丝氨酸205位点进行磷酸化修饰,增加磷酸酶的活性;这种增强的磷酸酶功能就会促使胰岛素受体在关键的酪氨酸残基上发生去磷酸化,并减少内皮细胞中的胰岛素受体信号。

利用高分辨率的磷酸化蛋白质组筛选技术,研究人员识别出了PTP1B中的丝氨酸205位点或能作为PKA磷酸化的主要位点,突变这一位点就会阻断ADM削弱胰岛素信号的能力,最终研究人员确定S205磷酸化或许就是这一过程的开关。此外,研究人员还发现,在肥胖个体机体中水平升高的补体因子H(complement factor H)或能与ADM结合并进一步增强内皮细胞中受体的激活过程,从而使得胰岛素脱敏作用变得更为复杂。
文章中,研究人员还通过给予肥胖胰岛素抵抗小鼠一种ADM受体拮抗剂肽ADM(24-50),测试了一种新型的药理学方法,这种治疗能部分恢复期机体的胰岛素敏感性和对葡萄糖的控制,从而就强调了一种肥胖相关的代谢功能障碍的潜在治疗角度。同时,患者数据也揭示了ADM和补体因子H在血浆中水平的升高或与机体体重指数相关,这就增强了这些研究发现对于人类肥胖相关的胰岛素抵抗的重要翻译意义。本文研究识别出了ADM诱导的内皮胰岛素抵抗或能作为促进肥胖相关的2型糖尿病发生的重要分子机制,这或许是推进对这种疾病因果关系理解的重要发现。
本文研究的实验进一步发现,当ADM信号被阻断后,胰岛素抵抗或许就会被逆转,这就揭示了肥胖相关代谢性障碍的潜在治疗靶点。综上,本文研究识别出了人类肥胖相关全身性胰岛素抵抗的潜在机制并阐明了一种有望治疗肥胖相关2型糖尿病的新型疗法。

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